Dimulai dengan visi dan kerinduan Ketua Yayasan Filadelfia, Bapak Dr. Sugih Wanasuria dan isteri beliau, Ibu dr. Josephine Wanasuria, pada tanggal 17 Juli 2006 KB dan TK Filadelfia didirikan dengan 7 orang Peserta Didik. Firman Tuhan dari Daniel 12:3 - "Dan orang-orang bijaksanaakan bercahayaseperti cahaya cakrawala, dan yang telah menuntun banyak orang kepada kebenaran seperti bintang-bintang, tetap untuk selama-lamanya." - menjadi dasarnya.
Sejak berdirinya, sekolah ini bertujuan untuk memberkati bangsa Indonesia dan sesama di dunia melalui pendidikan dengan kurikulum Nasional dengan integrasi akademik dan karakter berdasarkan pandangan Alkitabiah yang diimplementasikan dengan kualitas yang andal, tertuang melalui visi, misi, dan nilai-nilainya.
SD Filadelfia pada tanggal 14 Juli 2008 dengan 8 orang Peserta Didik Kelas 1.
Pada 6 Februari 2010 terbentuk Dewan Sekolah atau board, Pengembangan somber daya manusia menjadi prioritas sekolah ini karena pendidik merupakan ujung tombak pendidikan yang berkualitas.
SMP Filadelfia berdiri pada tanggal 14 Juli 2014 dengan 15 orang Peserta Didik Kelas 7.
Pada tahun 2015, SD Filadelfia mendapat penilaian Akreditasi A Nasional.
Pada tanggal 2 Januari 2017 KB, TK, SD, dan SMP Filadelfia berubah nama menjadi KB, TK, SD, dan SMP Filiasofia yang artinya Mencintai Hikmat, yang sesuai dengan Daniel 12:3 yang merupakan visi dari sekolah ini.
Pada bulan Oktober 2018, SMP Filiasofia mendapatkan Akreditasi B Nasional dengan nilai 89.
Pada bulan November 2019 Taman Kanak-Kanak Filiasofia mendapatkan Akreditasi A Nasional.
Proses pendaftaran SMA Filiasofia dimulai pada 2018. Pada 31 Januari 2019, Yayasan Filadelfia mendapatkan Izin Pendirian Program atau Satuan Pendidikan untuk SMA Berdasarkan Komitmen, dan SMA Filiasofia mulai berkegiatan pada 8 Juli 2019 dengan 12 orang Peserta Didik. Pada 24 Mei 2021 Yayasan Filadelfia mendapatkan Persetujuan Pemenuhan Komitmen Izin Pendirian Program atau Satuan Pendidikan untuk SMA Filiasofia dengan Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN) 70010624. Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Badan Akreditasi Nasional Nomor: 420/BAN-SM/SK/2022 tentang Penetapan Hasil Rekomendasi Akreditasi Sekolah/Madrasah Tahun 2022, SMA Filiasofia beroleh Akreditasi B dengan Nilai 88.
Sekolah Filiasofia memiliki 336 Peserta Didik dengan 51 orang guru dan staf (status tanggal 8 Juli 2022).
Sekolah Filiasofia adalah anggota dari: - MPK (Majelis Pendidikan Kristen) di Indonesia - ACSI (Association of Christian Schools International) - Putra Pengabdi, Cabang 2 Pekanbaru.